Les négociations entre les 43 pays membres de l'UpM se sont révélées ardues. Outre sur la question du nombre de secrétaires adjoints (cinq, selon la déclaration de Marseille de novembre 2008, ou six selon la co-présidence, la France, qui a concédé unilatéralement ce poste supplémentaire à la Turquie, entraînant une demande ferme de clarification présentée par Chypre soutenue par la Grèce), les négociateurs se sont également trouvés partagés sur la répartition des compétences des secrétaires généraux adjoints. Israël qui, comme la Palestine, avait bénéficié d'un poste (selon une répartition contestée notamment par l'Algérie, car plus politique que technique), devait hériter du dossier des nouvelles technologies et de la communication. Le Liban affirme ne pas vouloir laisser Israël se plonger dans la gestion d'un dossier touchant aux souverainetés des États.

Il reste enfin la question du candidat au poste de secrétaire général. Côté européen, des représentants d'États membres sont gênés par le dépôt d'une candidature unique, laquelle, en plus, laisserait en marge tous les pays de la Méditerranée occidentale, sur sa rive sud. Une ligne de séparation est apparue entre pays arabes du Maghreb et ceux du Machrek, agissant selon une solidarité sous-régionale qui ne semble pas faite pour apaiser les esprits. L'affirmation par ces derniers que la décision de présenter un ambassadeur jordanien (pays non riverain de la Méditerranée) a été prise dans les instances de la Ligue arabe ne convainc pas. Car, objectent les Maghrébins, la Ligue n'est pas partie prenante et est un simple observateur au sein de l'UpM.

L'ambassadeur tunisien avait estimé, lors de dernière réunion des hauts fonctionnaires, que le choix d'un secrétaire général ne pourrait être valablement fait qu'à la faveur d'une réunion ministérielle. Cela semble difficile dans le contexte proche-oriental actuel. On prête l'intention à l'Espagne de réunir début janvier un groupe restreint de ministres (les deux co-présidences, la France et l'Égypte plus la Tunisie et elle-même en tant que présidence semestrielle de l'UE) pour une décision rapide sur un nom pour le poste afin que le palais (Palau Pedralbes, Barcelone) réservé à l'UpM ne demeure pas longtemps sans locataire. Mais des voix font cependant observer qu'il ne pourrait être question de désigner un secrétaire général tant que les statuts ne seront pas d'application.

Et puis, ultime question, posée cette fois en interne, au sein des institutions européennes: qui devrait occuper à l'avenir le siège, européen, de co-président de l'UpM ? Mme Ashton ou M. Moratinos et après lui, dès juillet 2010, le chef de la diplomatie belge ? « Nous n'en savons rien », nous répond-on à la Commission européenne